זהו קיץ שלו בגנסוקיו (Gensokyo). יום אחד ערפל אדום מתפזר ומכסה את רוב גנסוקיו. הערפל חוסם את השמש וגורם לאיזורים שבהם הערפל להיות חשוכים וקרים.
ראיימו האקוריי (Reimu Hakurei) ומאריסה קיריסאמה (Marisa Kirisame) מחליטות ללכת לבדוק מה גורם לכל זה.
הגיבורה יוצאת לעבר אי באגם שנראה שהוא מקור הערפל. לפני שהגיבורה מגיעה לאי רומיה (Rumia), יוקאי החושך, תוקפת אותה אך מובסת.
הגיבורה ממשיכה בדרכה ונתקלת בדאיוסיי (Daiyousei) הפיה ובסירנו (Cirno), פיית הקרח של האגם. לאחר שהגיבורה מביסה את שתיהן היא ממשיכה בדרכה ונתקלת בהונג מיילינג (Hong Meiling), השומרת של הטירה שבורחת מהמקום אחרי שהגיבורה מביסה אותה.
לאחר הקרב הגיבורה סוף סוף נכנסת לאחוזה כשהיא בטוחה שהאדם שבטירה הוא זה שגורם לערפל. הגיבורה מגיעה לספרייה ונתקלת בקואקומה (Koakuma) השדה ומביסה אותה. לאחר מכן הגיבורה פוגשת את פאטצ'ולי נודלג' (Patchouli Knowledge) הספרנית שטוענת שהגיבורה מפריעה לה בקריאה, לאחר שהגיבורה מביסה אותה פאטצ'ולי מראה לה את הדרך לאדונית של הטירה.
הגיבורה מסתובבת בטירה ונתקלת במשרתת הראשית בטירה, סאקויה איזאיוי (Sakuya Izayoi) שטוענת שהגיבורה מפריעה לה בניקיון. היא מגלה לגיבורה שהיא פיזרה את הערפל כי השמש מפריעה לאדונית של הטירה. לאחר שהגיבורה מביסה אותה סאקויה מראה לה את הדרך לאדונית של הטירה.
לפני שהגיבורה פוגשת את האדונית של הטירה סאקויה מנסה שוב לעצור אותה אך נכשלת. עכשיו הגיבורה סוף סוף פוגשת את האדונית של הטירה, הערפדית רמיליה סקארלט (Remilia Scarlet). הגיבורה מבקשת שהיא תסיר את הערפל אך רמיליה מסרבת. הן נלחמות ולבסוף רמיליה מובסת ומסכימה להסיר את הערפל.
שלב הבונוס (לשלב הזה תגיעו רק אם סיימתם את המשחק ברמה רגילה ומעלה בלי להשתמש בהמשכים):
כעבור כמה ימים הגיבורה חוזרת לאחוזה בעקבות העלמותה של רמיליה. כאשר הגיבורה מגיעה לאחוזה היא רואה שהכל מבולגן. הגיבורה נתקלת שוב בפאטצ'ולי שמנסה לעצור אותה אך מובסת.
הגיבורה מגיעה לחלק הכי עמוק בטירה שם היא נתקלת בפלאנדר סקארלט (Flandre Scarlet), אחותה הצעירה של רמיליה שהייתה נעולה במרתף במשך 495 השנים בהן היא חיה בגלל הכוח שלה. הגיבורה מסכימה להלחם בה. לאחר קרב קשה הגיבורה מביסה את פלאנדר.

המטרה בטוהו היא להתמק מהיריות של היריב ולירות בו בחזרה.
במשך כל שלב יש יצורים שתוקפים, לעתים הם יורים גם אבל לא הרבה כמו הבוסים או המיני-בוסים.
לחיצה ממושכת על Z היא ירי רצוף. לחיצה על X מפעילה פצצה שהיא חזקה יותר מהמתקפה הרגילה, לכל אחת מהגיבורות (מאריסה, ראיימו) יש שני סוגי מתקפות שונים.
ככל שהשלבים גבוהים יותר כך קשה יותר להלחם ויש יותר יריות, לצורך האטה להתחמקות מיריות רבות יותר ניתן ללחוץ על SHIFT, זה מאט את הדמות. CTRL מעביר את השיחות מהר.
במשחק הזה מוצגת מערכת קלפי הקסם, תוכלו לזהות קלף קסם כשהרקע ישתנה. קלפי הקסם מופעלים בעיקר כשליריב נשאר מעט חיים. אם ניצחתם את קלף הקסם לפני שהזמן נגמר (צד ימין למעלה) אתם תזכו בנקודות בונוס..
לכל אחת מהגיבורות יש את היתרונות וחסרונות שלה: ראיימו איטית, ההתקפות שלה חלשות ולטווח גדול ומאריסה מהירה, ההתקפות שלה חזקות אך הן לטווח קטן.
כדי להשיג כוח מלא עליכם לאסוף ריבועים אדומים. הריבועים הכחולים הם נקודות.
 

נכתב ע"י Beatrice